弗莱明为医学史带来了一个里程碑式词组：盘尼西林时刻。一战、二战期间，出现了大量因伤口感染而引发士兵死亡的病例，给人类留下极其沉重且痛苦的记忆。
正是由于盘尼西林的出现，很多士兵才保住了性命，人类与细菌的对垒形势发生了根本性逆转。但是，随着抗生素的广泛使用，甚至滥用，很多细菌出现了耐药性，人类与细菌的斗争又进入了新阶段。在我国的古典文学中，文弱书生或弱柳扶风的女子，患病咳血之后，郎中束手无策，其实很多是患肺病，由结核杆菌引起。这也是病菌危害人类健康的历史写照。
自动物出现伊始，地球上已经存在细菌。甚至有学说认为细胞的出现，就是由细菌组合演变而来。该学说认为真核细胞是通过两个独立的原核细菌之间的共生关系进化而来。一种细菌被另一种细菌吞噬，并且较小的细胞继续存在于另一种细菌内，这对双方都有利。它们进化成为更高级的真核细胞，细胞核被膜包裹。因此，如何与细菌共存共生，是人类必须要重视并进行深入研究的一个课题。
进化主基调：互利共生
说到共存共生，也就意味着并非所有细菌都是有害的。当我们去买酸奶的时候，会看到包装上写着含多少益生菌。其实，益生菌的种类很多，并非只有双歧杆菌之类。
益生菌是通过定殖在人体内，改变宿主某一部位菌群组成的一类对宿主有益的活性微生物。通过调节宿主黏膜与系统免疫功能或通过调节肠道内菌群平衡，促进营养吸收保持肠道健康的作用，从而产生有利于健康作用的单微生物或组成明确的混合微生物。
人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有酵母菌、益生芽孢菌、丁酸梭菌、乳杆菌、双歧杆菌、放线菌等。人们对于细菌与人体关系的认知，已经开始进入整体系统论阶段。例如：氧化应激是诱发胃肠道疾病的重要因素，益生菌可以减轻肠道的氧化应激状态。随着脑肠轴的研究不断深入，研究发现肠道菌群产生大量的神经递质，如GABA抑制物、血清素、去甲肾上腺素、多巴胺、乙酰胆碱及褪黑素。大约有50%的多巴胺是由肠道菌群制造之后进入血液。因此，大肠菌群还与失眠、情绪调控等心理方面的问题相关。
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